Η Ογκολογική Μονάδα της Γ΄ Πανεπιστημιακής Κλινικής βρίσκεται στο 2ο όροφο του Κτιρίου Ζ του Νοσοκομείου "Η Σωτηρία" και είναι πιστοποιημένη κατά το πρότυπο ISO 9001. Αποτελείται από 4 θαλάμους ημερήσιας νοσηλείας, αυτόνομες εγκαταστάσεις παρασκευής και διάλυσης κυτταροστατικών φαρμάκων, ογκολογικό εργαστήριο, κέντρο κλινικών μελετών, εξεταστήρια ασθενών, αμφιθέατρο εκπαιδευτικών εκδηλώσεων, χώρους υποδοχής ασθενών και γραφεία γιατρών και νοσηλευτών. Επίσης, οργανώνει ιατρείο πόνου, ψυχιατρικό διασυνδετικό και διαιτολογικό ιατρείο. Στελεχώνεται από γιατρούς διαφόρων ειδικοτήτων (ογκολόγους, παθολόγους, πνευμονολόγους, ψυχίατρο, ενδοκρινολόγο, αγγειολόγο), καθώς και από μοριακούς βιολόγους, γενετιστές, διαιτολόγους και ψυχολόγους. Επίσης, η Μονάδα στελεχώνεται από εξειδικευμένους νοσηλευτές, γραμματείς και προσωπικό για τη διενέργεια κλινικών μελετών στην ογκολογία. Η Ογκολογική Μονάδα παρακολουθεί πάνω από 2200 ασθενείς, ενώ γίνονται πάνω από 50 θεραπείες ημερησίως, καθιστώντας τη μία από τις μεγαλύτερες Ογκολογικές Μονάδες της χώρας.